ArcticZymes Technologies成立于20世紀(jì)80年代后期,總部位于挪威北部的特羅姆瑟(Troms?)。立足北極海洋區(qū),致力于從海洋生物中識(shí)別新的冷適應(yīng)酶,用于分子研究、體外診斷和治療領(lǐng)域。ArcticZymes專注于與全球的合作伙伴和商業(yè)創(chuàng)新者建立牢固可靠的關(guān)系。因此,我們一直在探索并開發(fā)更加不一樣的產(chǎn)品,不斷滿足并且超過合作伙伴的期望。
HL-SAN熱不穩(wěn)定性耐高鹽核酸酶70910-202
描述
無論是實(shí)驗(yàn)室規(guī)模樣品制備、還是生產(chǎn)規(guī)模工藝過程,去除核酸都可以改善工藝流程,如蛋白純化、病毒載體制備、mNGS中樣品處理等過程。而核酸酶的選擇,就顯得特別重要。Heat Labile-Salt Active Nuclease (熱不穩(wěn)定性耐高鹽核酸酶,HL-SAN) 是一種非特異性內(nèi)切酶,在高鹽濃度下具有較佳活性;且該酶在多種緩沖液中都有活性,很容易通過還原劑處理而失活。這些特性使HL-SAN在需要去除DNA和RNA的應(yīng)用中,更為適合。
核酸污染,特別是宿主基因組DNA污染,在幾乎所有工藝流程及生物制品的生產(chǎn)中,都是需要重點(diǎn)解決的問題。一方面,宿主DNA的存在,影響目標(biāo)產(chǎn)物的純化及下游質(zhì)量分析等。另一方面,宿主DNA殘留能引起機(jī)體嚴(yán)重的免疫反應(yīng),是生物制品的關(guān)鍵質(zhì)量參數(shù)之一,FDA及NMPA等對(duì)Host Cell DNA (HCD)有嚴(yán)格的質(zhì)控要求。
宿主基因組DNA中,組蛋白與DNA形成核小體,核小體緊密折疊形成結(jié)構(gòu)復(fù)雜的染色質(zhì)。組蛋白與DNA間存在強(qiáng)烈的離子作用及疏水作用,再加上特殊的結(jié)構(gòu),導(dǎo)致宿主DNA很難被準(zhǔn)確檢測(cè)并清除。已有文獻(xiàn)表明,高鹽濃度下組蛋白與DNA解離相對(duì)很好,這有利于宿主DNA的檢測(cè)及去除。但市售的絕大多數(shù)核酸酶在高鹽濃度下活性很弱,甚至全部失活。而耐高鹽的HL-SAN成了這類應(yīng)用的理想選擇。
高鹽濃度能夠提高去除效率
HL-SAN是一種新型的、耐高鹽的工程化內(nèi)切酶。該酶在0.5 M NaCl條件下具有較佳活性,是去除宿主DNA污染的理想選擇。
鹽濃度是去除過程的重要參數(shù)之一。高鹽濃度下,宿主DNA與蛋白質(zhì)能夠全部解離,從而更容易被降解。
推薦應(yīng)用
1. 病原微生物診斷應(yīng)用,如宏基因組測(cè)序(mNGS)樣品去除宿主DNA;
2. 蛋白純化,特別是DNA結(jié)合蛋白;
3. 病毒載體制備,如腺相關(guān)病毒(AAV)、腺病毒(AdV)等;
4. 其他需要去除宿主DNA的應(yīng)用等。
優(yōu)勢(shì)
1. 高鹽條件下,DNA清除效率更高,宿主DNA殘留更少;
2. pI為9.6,容易跟絕大多數(shù)蛋白分離;
3. 還原劑存在時(shí),酶易失活,減少對(duì)后續(xù)流程的影響。
4.溫度穩(wěn)定
5.在低溫下活躍(6℃時(shí)為20%)
實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù):
Figure 1. HL-SAN的特性
使用指導(dǎo)
1. DNA去除方案
從細(xì)胞抽提物或細(xì)胞裂解液中去除DNA污染,HL-SAN的使用量受到多種因素影響,如細(xì)胞類型、裂解液組成、NaCl濃度、Mg2+濃度、裂解液pH等。參考方案見Figure 1。比如,對(duì)于1ml細(xì)胞裂解樣品,調(diào)整到0.3-0.75 M NaCl濃度,加入1000 U HL-SAN,15℃-37℃溫度條件下孵育30-60min,或者4℃過夜。Mg2+是必須的。
Figure 2. 不同樣品、不同去除要求下,HL-SAN的推薦濃度及反應(yīng)條件。(DNA removal的要求是指通過瓊脂糖凝膠電泳看不到條帶。Decontamination的去除要求是對(duì)23S rDNA進(jìn)行qPCR檢測(cè)為陰性。)
2. 滅活
滅活是通過添加還原劑(TCEP或DTT)來實(shí)現(xiàn)的,推薦用TCEP(因?yàn)?/span>TCEP在磷酸鹽溶液中不穩(wěn)定,特別在中性pH下)。不同工藝流程中,通過改變孵育時(shí)間、溫度和還原劑的濃度等來滅活該酶。一般情況下, 25-37℃反應(yīng)5-10分鐘,可以滅活99%以上的酶。為了避免酶恢復(fù)活性、再次激活,保持低濃度還原劑,如0.1-0.5 mM DTT或TCEP,或延長(zhǎng)滅活反應(yīng)時(shí)間。
3. 去除
HL-SAN的pI是9.6,能夠緊密結(jié)合陽離子交換柱。在pH 9.0條件下用0.2M鹽沖洗,柱子的流出液/廢液中只有不到0.02%酶脫落。需要注意的是,不推薦使用陰離子交換柱去除HL-SAN,因?yàn)?/span>HL-SAN的糖基化修飾會(huì)結(jié)合到柱子上。
Figure 3. HL-SAN緊密結(jié)合在SP-sepharose柱子上(體系是0.2 M鹽濃度,pH 9.0)。
應(yīng)用實(shí)例:
高效去除人體DNA (99.99%)干擾、快速檢測(cè)下呼吸道感染(LRIs)病原
呼吸道感染(RIs)病原的快速檢測(cè)一直是醫(yī)療中亟待解決的問題。RIs樣本類型眾多并且病原含量差別很大,同時(shí)帶有大量的人體細(xì)胞,因此搭建一套快速、高效的樣本處理系統(tǒng)對(duì)于通過高通量測(cè)序進(jìn)行病原檢測(cè)至關(guān)重要。
2019年Nature Biotechnology文章報(bào)道了如下流程。為了盡可能去除宿主DNA、提高檢測(cè)靈敏度,在優(yōu)化實(shí)驗(yàn)的人體宿主細(xì)胞去除、微生物DNA提取和nanopore測(cè)序等三個(gè)步驟都做了對(duì)應(yīng)的優(yōu)化,比如宿主DNA去除時(shí)找到了合適濃度的saponin(2.2%),HL-SAN步驟由兩步減為一步,清洗步驟縮減為2次。從拿到樣本到建庫完成縮短至6hr,且在較終檢測(cè)中達(dá)到了96.6%的敏感性和100%的特異性。
Figure4. Nanopore宏基因組快檢流程。
熱銷產(chǎn)品
貨號(hào) | 品名 | 規(guī)格 |
70910-202 | HL-SAN | 25000U |
70921-202 | SAN HQ Triton FREE | 25kU |
70921-150 | SAN HQ Triton FREE >250-500kU | 500000units |
70800-201 | HL-dsDNase2-250 | 250U |
70800-202 | HL-dsDNase 2-1000 | 1000units |
70500-201 | Cod Uracil-DNA Glycosylase Cod UNG-1-100 | 100units |
71600-201 | ArcticZymes Proteinase | 50units |
71502-201 | IoPol BST+ 5-200 | 200units |
71502-001 | IsoPol BST+ 10X Reaction Buffer Pack | 1units |
北京和一生物科技有限公司專業(yè)代理arctizymes全系列產(chǎn)品,專營進(jìn)口生物試劑,科學(xué)儀器,實(shí)驗(yàn)消耗品,化工原料及藥物中間體等。公司與諸多國外品牌簽下代理,sigma、santa、RD、Abcam、CST、toxin、streck、Biolegend、ebioscience、saracare、polyplus、Beyotime、Novus、moltox等,能為廣大科研用戶提供數(shù)萬種試劑、儀器和實(shí)驗(yàn)消耗品。
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